DNAとタンパク質の変異を見つけるコースレビュー (Bioinformatics VI)
Enroll Course: https://www.coursera.org/learn/dna-mutations 今回はCourseraのコース、「Finding Mutations in DNA and Proteins (Bioinformatics VI)」をご紹介します。このコースは、前のコースで学んだゲノムの配列と比較について深く掘り下げ、DNAやタンパク質の変異を見つけるための高度なトピックをカバーしています。 コースの前半では、個人のゲノムが参照ゲノムとどのように異なるかに焦点を当て、小さなDNAフラグメントを取り、参照ゲノムにマッピングします。これにより、病気を引き起こす変異を特定するためのコンビネータルパターンマッチングアルゴリズムの重要性を理解することができます。 以下にコースの各週の概要を示します： 週1: 読み取りマッピングの紹介この週では、病気を引き起こす変異をどう特定するか、そしてなぜ生物学者はHIVワクチンを開発できていないのかという2つの中心的な質問に取り組みます。 週2: バロウズ-ウィーラー変換この週では、バロウズ-ウィーラー変換の概念を導入し、それがどのようにストリング圧縮に使用されるかを説明し、現代の読み取りマッピングアルゴリズムの基盤であることを示します。 週3: バロウズ-ウィーラー読み取りマッピングの高速化この週では、前週のバロウズ-ウィーラー変換を使ってアルゴリズムを高速化し、エラーがあるパターンへの一般化の方法を学びます。 週4: 隠れマルコフモデルへの紹介この週は、多くの変異を持つ配列の整列に取り組み、隠れマルコフモデルの基本を理解します。 週5: 配列整列のためのプロファイルHMM前週に導入した隠れマルコフモデルを配列整列に適用し、クラスターに関する以前のコースで学んだ高度な方法について考察します。 週6: バイオインフォマティクス応用課題最後の週では、これまでに開発したHMM配列整列アルゴリズムを適用するための課題に取り組みます。 このコースは、Bioinformaticsの知識を更に深めたい方にとって素晴らしい選択肢です。専門的な内容ですが、しっかりとした基礎を持てば、理解することができる内容です。興味がある方にはぜひお勧めします！ Enroll Course: https://www.coursera.org/learn/dna-mutations